Компания основана в 1984 году супругами Леонардом Босаком (Leonard Bosack) и Сандрой Лернер (Sandra Lerner), занимавшимися до этого техническим обслуживанием вычислительной техники в штате Стэнфордского университета. Леонарду Босаку удалось разработать технологию, которая позволила соединить локальные сети двух факультетов университета. Не сумев заинтересовать своей технологией ни одного производителя компьютеров, супруги основали свою компанию, Cisco Systems. Хотя Cisco не была первой компанией, разрабатывавшей и продававшей маршрутизаторы — устройства, перенаправляющие компьютерный трафик из одной сети в другую, — она создала первый коммерчески успешный многопротокольный маршрутизатор. Это устройство позволяло ранее несовместимым компьютерам сообщаться между собой, даже если они использовали разные сетевые протоколы. Продажи первого продукта начались в 1986 году, за 1986/87 финансовый год компания заработала 1,5 млн долларов. Первоначально компания ориентировалась на учебные и научные учреждения, но к концу 1980-х годов её продукцией заинтересовались и крупные корпорации, которым нужно было связать локальные сети отдалённых филиалов.